Unha nube de burbullas apareceu sobre o mundo de Mario. Ninguén lle fixo caso, pero en balde. De súpeto aumentou de tamaño, afundiuse no chan e capturou a todos os habitantes do mundo. Só Mario conseguiu escapar da captura. Axúdao en Super Mario Bubble Shoot para liberar a todos os habitantes e incluso aos que lle son hostís.